1、对“未按规定使用运单”的营运船舶是要进行处罚的。 2、处罚的依据是《中华人民共和国水路运输管理条例》第二十六条第一款第四项，视情节轻重给予警告或者处1万元以下的罚款。或者《上海市水路运输管理条例》第四十四条第一款第六项，第二款，处以警告或者二百元至五千元的罚款，情节严重的，可以责令停业整顿。在处罚的过程中，这两种法规可以选择适用，在上海，一般适用《上海市水路运输管理条例》。 3、处罚时如果给与警告或者一千元以下的罚款，适用简易程序应当出具《当场处罚决定书》并开具罚款收据。如果给予一千元以上的罚款，则应适用一般程序，通过调查取证确定处罚以后，向相对人出具《行政处罚事先告知书》及《行政处罚决定书》。